黄元御对人体奥秘的研究，是以宇宙基本的真理大道为基础，以太极模型、阴阳、三五之道的五行为运筹和协原理，把气候、地理、医术各学科统一成整体，从而把人体生命本源的研究和天地之源的研究联系起来。黄氏认为“太极”是宇宙的本和源，“天人相应”说是祖国医学理论的组成部分，故有“人与天地相参也，阴阳肇基，爰有祖气，祖气者，人身之太极也”的论述。同时，他用象数易的哲理将脏腑、经络、气血、津液、皮肉、筋骨、毛发、空窍、精神等都赋以阴阳的属性，并解释的透彻入微。

黄元御的著作，已知有十四种，医籍十一种，已刊行八种（《伤寒悬解》、《金匮悬解》、《四圣悬枢》、《四圣心源》、《长沙药解》、《伤寒说义》、《素灵微蕴》、《玉揪药解》），未刊行三种（《素问悬解》、《灵枢悬解》、《难经悬解》），另外尚有《周易悬象》、《道德经悬解》、《玉揪子堂稿》等非医学著作三种。